大拇指指甲凹陷与基因存在一定联系，可能涉及先天性外胚层发育不良基因、血色病相关基因、斑秃相关基因、毛囊角化病基因、遗传性指甲病基因等。

1. 先天性外胚层发育不良基因：此类基因异常会导致外胚层发育出现问题，指甲作为外胚层的衍生物，其生长和形态会受到影响，可能出现大拇指指甲凹陷的情况。这是一种先天性的基因缺陷，可能伴随其他外胚层发育异常的表现，如毛发稀疏、牙齿发育不良等。

2. 血色病相关基因：血色病是由于体内铁代谢异常，过多的铁沉积在身体各组织器官。相关基因发生突变后，会影响铁的正常代谢和利用，进而影响指甲的正常生长，导致大拇指指甲凹陷。同时，患者可能还会出现皮肤色素沉着、肝功能异常等症状。

3. 斑秃相关基因：斑秃是一种自身免疫性疾病，与基因有密切关系。当相关基因异常时，免疫系统会错误攻击毛囊和指甲组织，影响指甲的生长结构，造成大拇指指甲凹陷。患者除了指甲问题外，还会有头发片状脱落的表现。

4. 毛囊角化病基因：毛囊角化病是一种常染色体显性遗传性皮肤病，相关基因突变会使皮肤角质形成细胞异常，不仅会出现皮肤毛囊性丘疹等症状，也可能影响指甲，导致大拇指指甲凹陷。

5. 遗传性指甲病基因：存在一些专门影响指甲发育和健康的遗传性基因。当这些基因发生突变时，会直接导致指甲的形态和结构出现异常，大拇指指甲凹陷就是其中一种表现。这种情况可能在家族中呈现一定的遗传规律。

针对大拇指指甲凹陷与基因相关的情况，治疗上可使用硫酸亚铁片、维生素B12片、葡萄糖酸锌片等药物，但具体用药需遵医嘱。如果发现大拇指指甲凹陷，建议及时到正规医院的皮肤科或内科就诊，进行基因检测等相关检查，以明确病因并采取合适的治疗措施。

大拇指指甲凹陷与基因的联系较为复杂，多种基因异常都可能导致这一现象。通过了解这些基因相关因素，有助于更准确地诊断和治疗。及时就医并进行相关检查，对于明确病因和制定合理的治疗方案至关重要。